Stonky výhonků, které plní určité funkce, lze upravit. Dochází k úpravám nadzemních i podzemních částí výhonů.
Úpravy podzemních částí výhonů
Běžné modifikace výhonků krytosemenných jsou oddenky, cibule a hlízy. Obvykle se tvoří v vytrvalých bylinách jako orgány, ve kterých se ukládají rezervní živiny. U takových rostlin zelené nadzemní části během zimy odumírají, ale upravené výhony zůstávají v půdě. Na jaře se rostlinám díky obsaženým živinám opět vyvinou obyčejné nadzemní výhony.
Upravené výhony plní kromě ukládání živin i další funkci. S jejich pomocí se rostliny mohou vegetativně rozmnožovat.
Rhizome
Upravený únik oddenek vyskytuje se v mnoha víceletých rostlinách (kopřiva, konvalinka, pšeničná tráva atd.). Oddenek se nachází v horních vrstvách půdy, připomíná kořen, ale šíří se vodorovně.
Oddenek je výhonek, protože má apikální a axilární pupeny a také listy, které jsou upraveny do šupin. Podobnost s kořenem je dána oddenku adventivními kořeny, které z něj vyrůstají po celé délce.
Během vegetačního období rostlina ukládá rezervní živiny v oddenku. Kvůli nim vyrůstají v příštím roce z pupenů oddenku nové mladé výhonky.
Pomocí částí oddenku obsahujících pupeny a kořeny je možné vegetativní rozmnožování rostlin.
Žárovka
Upravený únik žárovky charakteristické pro cibuli, tulipány, lilie, česnek a další rostliny. Tento typ výhonu může být částečně nadzemní. Ve spodní části cibulky se nachází zploštělý stonek tzv dno. Ze spodu vyrůstají dva druhy listů, upravené do šupin. Vnější listy se mění na suché šupiny, které plní ochrannou funkci. Vnitřní tlusté a šťavnaté šupiny obsahují rezervní živiny (cibulky obsahují mimo jiné mnoho různých cukrů) a vodu. Cibulkám vyrůstají pupeny i zespodu.
Za příznivých podmínek vyrůstají zespodu spodní části cibule adventivní kořeny, což vede k vytvoření vláknitého kořenového systému. Výhonky mohou vyrůstat z pupenů, ale mohou se z nich vyvinout i tzv. baby bulbs. Každá taková žárovka může dát vzniknout samostatné nové rostlině. Vegetativní množení se tedy provádí pomocí cibulí.
U česneku se postranní pupeny nazývají stroužky, rostlina je využívá k vegetativnímu množení.
Hlíza
Upravený únik hlíza lze pozorovat u rostlin, jako jsou brambory a topinambury, stejně jako u některých dalších.
Hlíza se vytvoří na vrcholu jiného upraveného výhonku – odnož. Stolony vyrůstají ze spodních částí nadzemních výhonků a jdou do půdy, jsou to tenké, křehké stonky. Organické látky syntetizované zelenými částmi rostliny při fotosyntéze se pohybují podél stolonů k jejich vrcholům, a tak zde vznikají hlízy. V hlízách se hromadí hodně škrobu.
Hlíza je, i když upravená, výhonek. Má krátká, ale tlustá internodia a mnoho pupenů, které se nazývají oči. Listy hlíz jsou redukovány. Oči jsou umístěny ve vybráních hlízy a v každém takovém vybrání může být několik očních pupenů.
Část hlízy, která je spojena se stolonem, se nazývá základ hlízy. Na opačné straně základny je vršek hlízy. Blíže k vrcholu je více očí. Nejčastěji se z apikálního očnice vyvine mladý zelený výhonek. Význam hlíz pro samotné rostliny je vegetativní množení.
Úpravy nadzemních částí výhonů
Rostliny se liší velikostí svých internodií. U řady rostlin se internodia rychle vyvíjejí, jak rostou, takové rostliny se získávají s dlouhými stonky. Existuje však poměrně dost rostlin, ve kterých internodia téměř nerostou, v důsledku toho listy z různých uzlů končí blízko sebe a výsledný stonek má podobu růžice – toto rozetové rostliny (například jitrocel).
Rostliny se liší způsobem, jakým je stonek nad půdou a směrem růstu. Pokud růst stonku směřuje přímo nahoru, pak se vyvíjí vzpřímený stonek. Takový stonek má většina rostlin, včetně všech stromů. Stonky se plazí po zemi. Plazivé stonky s vyvinutými adventivními kořeny se nazývají plazivé (brečtan, jetel plazivý). Plazivé výhonky vytvářejí mnoho postranních výhonků a mají malá internodia. Na zemi tedy zabírají velkou plochu.
Pokud mají plíživé stonky dlouhé a tenké internodia, pak se nazývají kníry (například jahody). Na úponcích se na uzlech vyvíjejí krátké růžicové výhony s mnoha listy. Knír slouží rostlině k vegetativnímu rozmnožování a šíření.
Lianas – jedná se o rostliny s popínavými stonky. V tropických lesích je mnoho lián, tyto lesy jsou velmi husté a pro rostliny je snadné najít oporu. V našich zeměpisných šířkách mezi vinnou révu patří okurka, hroznové víno, hrách a fazole. Liány vyvíjejí modifikace kořenů, bočních výhonů nebo listů v podobě různých háčků a úponků. Réva se s nimi drží na podpěře. Mnoho lián však své dlouhé stonky jednoduše omotá kolem podpěry.
U řady rostlin jsou některé výhony upraveny do ostnů (hruška, švestka).
Úpravy výhonů jsou spojeny s jejich plněním různých funkcí, jako je šplhání, ochrana před zvířaty, zásobárna živin atp.
Antény
V některých rostlinách například dýně. okurky a hrozny, některé výhonky se změnily na šlahouny přizpůsobené k popínavosti.
Nevětvící část úponku odpovídá internodiu pažního výhonu a citlivá kroutící část odpovídá listu. Úponky mohou být jednoduché (okurka, meloun) nebo rozvětvené (meloun, dýně)
Trny
Hlohové trny chrání rostlinu před sežráním zvířaty.
Podzemní výhonky se mohou také změnit.
V současnosti jsou známy tři formy modifikací podzemních výhonů – oddenek, cibulka a hlíza. Uchovávají rezervní živiny, které rostlina potřebuje k přežití chladného období. Navíc slouží k přirozenému vegetativnímu množení.
Rhizome
Oddenek vypadá jako kořen, odtud jeho název. Na rozdíl od kořene má však oddenek vždy uzliny, nedostatečně vyvinuté šupinovité listy nebo jizvy, které po něm zůstaly, a axilární pupeny.
V uzlech se mohou vyvinout náhodné kořeny. Oddenek nemá kořenový uzávěr, je zakončen vrcholovým pupenem. Ve stonkové části oddenku se ukládají náhradní živiny – nejčastěji škrob a cukry.
Rostliny s rozvětvenými oddenky rychle rostou, z pupenů se vyvíjejí nadzemní výhonky, které na podzim odumírají. Staré části oddenku po nějaké době odumírají a spojení mezi jeho částmi je přerušeno. Tak vznikají nové rostliny např. u pšeničné trávy, podbělu, konvalinky, kosatce atp.
Hlíza
Hlíza je podzemní výhonek s vysoce ztluštělou, zaoblenou lodyhou, ve které se ukládají rezervní živiny. Hlízy mohou být podzemní nebo nadzemní. Příkladem podzemních hlíz jsou hlízy brambor. Vyvíjejí se na apikálních pupenech stolonů (dlouhé tenké podzemní výhonky). Na povrchu hlízy jsou patrné okraje – upevňovací body nedostatečně vyvinutých listů, v jejichž paždí jsou pupeny – oči.
Existují i nadzemní hlízy (některé druhy orchidejí, kedlubny).
Žárovka a šnek
Cibulka je podzemní výhon se zkrácenou lodyhou – spodkem. Adventivní kořeny jdou odspodu dolů, šťavnaté, těsně uzavřené listy – tzv. baňaté šupiny – nahoru. V šupinách se ukládají náhradní živiny.
Nové nadzemní výhonky a pupeny se tvoří z pupenů umístěných mezi šupinami cibule. Zvenčí je cibulka chráněna před vysycháním a pronikáním mikrobů a plísní suchými šupinami. suché šupiny, které chrání vnitřní, masité šupiny před vysycháním a hnilobou
Cibule se tvoří v česneku, cibuli, liliích atd.
Corm vzhledem připomíná cibuli, ale její rezervní živiny se neukládají v listech, ale na dně a šupiny jsou suché.
Hlízy se tvoří v mečíku, šafránu atd.
